사업비 정산은 언제까지 해야 하나요?

국가연구개발사업(R&D)은 과제 또는 단계가 끝난 날부터 3개월 이내에 연구개발비 사용실적보고서를 제출하고(국가연구개발혁신법 시행령 제26조 제1항), 연도별 사용내역은 연도별 연구개발기간 종료 후 1개월 이내에 보고합니다(같은 법 제13조 제7항, 시행령 제25조). 국고보조금 사업은 사업 완료 등 사유가 생긴 날부터 2개월 이내에 실적보고서를 제출합니다(보조금 관리에 관한 법률 제27조 제1항, 시행령 제12조 제1항). 협약서에 별도 기한이 있으면 그것도 함께 확인해야 합니다.

보조금 정산 때 회계감사를 꼭 받아야 하나요?

국가연구개발사업은 사용실적보고서를 낼 때 자체 회계감사 의견서(별지 제5호 서식)를 함께 제출해야 합니다(국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준 제80조 제7항). 국고보조금은 보조금이 1억원 이상이면 외부감사인이 정산보고서를 검증하고(보조금 관리에 관한 법률 제27조 제2항, 시행령 제12조의2 제2항), 한 회계연도 보조금 총액이 10억원 이상이면 감사보고서를 제출해야 합니다(같은 법 제27조의2).

정산에서 자주 불인정되는 비용은 무엇인가요?

환급받을 수 있는 부가가치세를 사업비로 쓴 경우(실제로 환급받지 않았어도 해당), 주류 등 유흥성 비용, 같은 비용의 중복 계상, 참여연구자끼리만 한 회의의 식비, 평일 점심 식대, 연구개발기간 밖에 쓴 비용, 연구비카드나 계좌이체가 아닌 현금 지출, 내부·계열사 간 거래 비용이 대표적입니다(연구개발비 사용 기준 제21조 제4항, 제22조, 제25조).

정산에서 불인정되면 어떻게 되나요?

사용 용도나 기준을 위반해 쓴 금액은 전액 회수 대상이고(국가연구개발혁신법 시행령 제26조 제5항 제2호), 회수 통보를 받으면 1개월 이내에 반납해야 합니다(연구개발비 사용 기준 제83조 제3항). 사유에 따라 10년 이내 참여제한과 이미 지급한 정부 연구개발비의 5배 이내 제재부가금이 부과될 수 있습니다(같은 법 제32조). 정산 결과에 이의가 있으면 통보일부터 1개월 이내에 한 번 이의신청할 수 있습니다(같은 기준 제84조).

정부지원금은 회계와 세무에서 어떻게 처리하나요?

회계에서는 정부보조금 기준(일반기업회계기준 제17장, K-IFRS 제1020호)에 따라 자산 취득에 쓴 보조금과 비용에 쓴 보조금을 나눠 처리합니다. 세무에서는 보조금 관리에 관한 법률 등에 따른 국고보조금으로 사업용자산을 취득·개량한 경우 그 상당액을 손금에 산입할 수 있습니다(법인세법 제36조). 연구개발 세액공제를 함께 검토할 때는 정부출연금으로 지출한 부분을 구분해 두어야 합니다.

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Guide · 사업비·보조금 정산

사업비 정산·회계감사,
언제 무엇을 준비하나

정산은 과제가 끝난 뒤에 하는 일이지만, 결과는 집행할 때 이미 정해집니다. 증빙이 없거나 기준에 맞지 않게 쓴 돈은 정산 단계에서 바로잡기 어렵습니다. 이 페이지는 국가연구개발사업(R&D)과 국고보조금 사업의 정산 기한, 회계감사·검증 기준, 자주 불인정되는 비용을 조문 근거와 함께 정리했습니다.

공인회계사·세무사 김수정 · 케이에스세무회계(경기 화성시 동탄 · 전국 고객 대면 상담) · 2026-10-26 기준 · 2026-08-20 시행 국가연구개발혁신법 개정 반영

김수정 · 대표 공인회계사·세무사

Deloitte 안진회계법인 · 외국계 기업 임원 · University of Michigan MBA · 정부지원금 심사위원 약력 보기

이런 상황이라면

정부과제 협약 후 첫 정산을 앞둔 연구소장님·대표님
사용실적보고서에 붙일 회계감사 의견서나 정산보고서 검증을 맡길 곳을 찾는 기업
정산 결과 불인정·회수 통보를 받고 이의신청을 검토하는 기업

01언제까지 무엇을 내나

같은 「정부과제」라도 국가연구개발사업(R&D)이면 국가연구개발혁신법, 창업지원 등 국고보조금 사업이면 보조금 관리에 관한 법률이 적용됩니다. 협약서 첫 장에서 근거 법령부터 확인하십시오.

무엇을	국가R&D	국고보조금
연도별 사용내역 보고	연도 종료 후 1개월 이내	—
사용실적보고서 (보조금은 실적보고서)	과제(단계) 종료 후 3개월 이내	사유 발생일부터 2개월 이내
함께 내는 것	자체 회계감사 의견서 현물 부담 시 현물부담 확인서 추가	정산보고서 1억원 이상이면 검증 결과 추가
정산하는 쪽	중앙행정기관·전문기관	중앙행정기관이 심사 후 금액 확정

근거: 국가연구개발혁신법 제13조 제7항·제8항, 같은 법 시행령 제25조·제26조 제1항, 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준(과학기술정보통신부 고시) 제80조 제7항·제8항 · 보조금 관리에 관한 법률 제27조 제1항·제2항, 제28조, 같은 법 시행령 제12조 제1항 · 사용 기준 제80조 제11항·제12항 제1호 · 보조금법 제27조 제3항, 시행령 제12조 제3항

기한을 넘기면 — R&D는 3개월 안에 보고서를 내지 않으면 시스템에 입력된 내역으로 정산을 갈음할 수 있고, 소액 과제라도 반드시 정산 대상으로 뽑히는 사유가 됩니다. 국고보조금은 3개월 이상 늦으면 다음 보조금이 10% 이하, 6개월 이상 20% 이하, 12개월 이상 50% 이하 범위에서 줄어들 수 있습니다.

02회계감사·검증, 누가 무엇을 하나

국가R&D — 자체 회계감사 의견서

사용실적보고서를 낼 때 별지 제5호 서식의 자체 회계감사 의견서를 함께 냅니다. 연구개발기관의 자체규정으로 연구개발비를 계상했다면 그 규정도 함께 제출합니다. 의견서를 누가 작성하는지는 협약서와 전문기관 안내를 확인하십시오.

국고보조금 — 금액에 따라 두 단계

기준	필요한 것	누가
보조금 1억원 이상	정산보고서 검증	외부감사법에 따른 감사인 회계법인·감사반
같은 회계연도 보조금 총액 10억원 이상	감사보고서 제출 교부결정 통지 후 3개월 이내 감사인 선임 · 회계연도 종료 후 4개월 이내 제출	외부감사법에 따른 감사인 회계법인·감사반

근거: 보조금 관리에 관한 법률 제27조 제2항, 제27조의2 제1항, 같은 법 시행령 제12조의2 제2항, 제12조의3 제1항·제2항 · 사용 기준 제80조 제7항

지방보조금은 별도 법률(지방보조금 관리에 관한 법률)과 자치단체 조례를 따르므로 기준 금액이 다를 수 있습니다.

03집행할 때 지켜야 정산이 쉬운 원칙

연구비카드 또는 계좌이체로만 — 현금은 불가피한 경우에만 씁니다.
시스템에 증빙 등록 — 지출마다 증명자료를 갖추고, 통합정보시스템(IRIS·통합RCMS·통합Ezbaro)에 등록하면 갖춘 것으로 봅니다.
연구개발기간 안에 사용 — 보고서 발간비·정산 수수료 등 일부 항목만 사용실적 보고일까지 쓸 수 있습니다.
증빙은 5년 보관 — 과제(단계) 종료 후 5년입니다.
정부지원금 이자는 국고에 납입하는 것이 원칙이고, 승인을 받으면 정해진 용도로 쓸 수 있습니다.

근거: 국가연구개발혁신법 시행령 제24조 제2항, 사용 기준 제22조 제5항 · 시행령 제24조 제3항, 사용 기준 제22조 제2항 · 사용 기준 제22조 제4항 · 사용 기준 제72조 제1항 · 시행령 제20조 제3항

04자주 불인정되는 비용

정산에서 문제가 되는 것은 대부분 「쓸 수 없는 곳에 쓴 돈」이 아니라 「쓸 수는 있는데 방식이 틀린 돈」입니다.

불인정 사례	근거 (사용 기준)
환급받을 수 있는 부가가치세를 사업비로 계상 실제로 환급받지 않았어도 해당	제21조 제4항 제1호
주류 등 유흥성 비용	제21조 제4항 제2호
같은 비용을 두 번, 또는 현금·현물이나 직접비·간접비로 중복 계상	제21조 제4항 제3호
기관 내부 거래, 인적·물적 구분이 불분명한 계열사 간 거래 비용	제21조 제4항 제5호·제6호
참여연구자끼리만 한 회의의 식비	제25조 제4항
내부결재문서·회의록 없는 회의비 10만원 이하는 목적·일시·장소·참석자를 적은 자료로 대신 가능	제25조 제5항
평일 점심 식대, 식비가 포함된 출장일의 식대	제25조 제14항 제6호
연구개발기간 밖에 쓴 비용 · 현금 지출	제22조 제4항·제5항
영리기관 기존 인력 인건비를 현금으로 계상 신규 채용 등 열거된 경우만 현금 계상 가능	제65조

인건비는 참여율(계상률)을 회계연도 말까지 시스템에 입력해야 합니다. 급여대장·원천세·4대보험 신고 금액이 계상한 인건비와 맞는지가 정산에서 가장 먼저 대조되는 항목입니다.

근거: 사용 기준 제65조 제1항·제2항

05불인정·회수 통보를 받았다면

회수 — 사용 용도·기준을 위반해 쓴 금액은 전액 회수 대상입니다. 직접비 잔액, 기관이 실제로 부담하지 않은 기관부담금도 회수됩니다.
반납 기한 — 회수 통보를 받은 날부터 1개월 이내입니다.
이의신청 — 정산 결과 통보일부터 1개월 이내, 한 번만 할 수 있습니다. 한 번뿐이므로 근거 자료를 모두 갖춰 내야 합니다.

회수금을 내지 않거나 부정하게 사용하면 제재로 이어집니다. 10년 이내 국가연구개발사업 참여제한과, 이미 지급한 정부 연구개발비의 5배 이내 제재부가금이 함께 부과될 수 있습니다. 국고보조금도 반환 사유가 생기면 반환액의 5배 이내 제재부가금이 부과됩니다.

근거: 국가연구개발혁신법 시행령 제26조 제5항 · 사용 기준 제83조 제3항 · 사용 기준 제84조 · 국가연구개발혁신법 제32조 제1항~제3항 · 보조금법 제33조의2 제1항

06회계처리와 세무까지 이어서

정산이 끝나도 정부지원금은 재무제표와 법인세 신고에 남습니다.

회계 — 자산 취득에 쓴 보조금과 비용에 쓴 보조금을 나눠 처리합니다. 부채비율·자본잠식 같은 재무비율이 다음 과제 신청 요건이 되는 경우가 많으므로 결산 전에 함께 봅니다.
세무 — 국고보조금으로 사업용자산을 취득·개량했다면 그 상당액을 손금에 산입할 수 있습니다.
연구개발 세액공제를 함께 검토할 때는 정부출연금으로 쓴 부분을 구분해 두어야 합니다.

2026년 개정 — 2026-08-20부터 국가연구개발혁신법 제13조가 바뀌어, 단계 종료 후 3개월 이내 정산이 법률 조항(제13조 제8항)이 됐고 연도별 사용내역 보고는 제13조 제7항으로 옮겨졌습니다. 시행령·고시는 아직 옛 항 번호를 인용하는 곳이 있으니 협약서 문구와 대조할 때 주의하십시오.

근거: 일반기업회계기준 제17장, K-IFRS 제1020호 · 법인세법 제36조 · 국가연구개발혁신법 제13조 제7항·제8항

케이에스세무회계의 응대 방식

대표 공인회계사·세무사가 감사반 소속 감사인으로서 정산보고서 검증·회계감사 의견서를 직접 작성합니다.
정산 지원(사용실적보고서 작성·증빙 정리·정산 대응·이의신청 자료)도 맡습니다. 같은 과제에서 정산보고서 작성을 지원했다면 그 보고서의 검증은 맡지 않으며, 처음 상담할 때 어느 업무를 맡을지 먼저 정합니다.
범위와 보수는 착수 전에 서면으로 정합니다.
정부지원금 심사 경험을 바탕으로 협약서·사업계획서의 비목과 실제 집행을 대조합니다.

07상담 받을 때 물어볼 것 — 체크리스트

우리 과제의 근거 법령이 국가연구개발혁신법인가, 보조금법인가
사용실적보고서·실적보고서 제출 기한이 언제인가
회계감사 의견서 또는 정산보고서 검증·감사가 필요한 금액인가
환급받을 수 있는 부가세를 사업비로 쓴 내역이 있는가
인건비 참여율과 급여대장·4대보험 신고 금액이 맞는가
회의비·출장비 증빙(회의록·결재문서)을 갖췄는가
정산 후 재무제표 회계처리와 법인세까지 같은 곳에서 보는가

글쓴이

김수정

케이에스세무회계 대표 공인회계사·세무사

Deloitte 안진회계법인
Goldman Sachs · JP Morgan (IB) 자문
University of Michigan, MBA
외국계 기업 임원
정부지원금 심사위원 · 기관평가위원

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케이에스세무회계 · 대표 공인회계사·세무사 김수정 · 경기도 화성시 동탄구 동탄대로706 동탄IT밸리2차 204호 · 이 페이지는 일반적인 실무 안내이며 개별 사안은 협약서와 전문기관 안내를 함께 확인해야 합니다.

사업비 정산·회계감사,언제 무엇을 준비하나